Itse tekisin ali/lisädomainille ihan oman joomla-installaation, kun kerran osoitekin on eri.
Näinhän se tietysti onkin.
No, joka tapauksessa asia ratkesi. Järjestelmän luoma .htaccess ei toiminut, mutta kun poistin sen ja muutin Joomlan mukanaan tuoman htaccess.txt => .htaccess niin homma alkoi pelittämään.
Sitten vaan odottamaan hakuosumien parantumista.

Jonkun ohjeen mukaan kun google hylkää linkit joissa on 3 tai useampia =-merkkejä. Tai ainakin katsoo niitä aika karsaasti.